<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN"
 "http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
<html lang="en-US">
  <head>
    <title>Visualize homology</title>
    <meta http-equiv="Content-Type" content ="text/html; charset=utf-8">
    <link rel="stylesheet" href="visblaststylejw.css" type="text/css">
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMM Jason Weirather (2010) www.g3n3.com  MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMNMMMMMMMMMho+hNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMNNNMMMMMMMNo+-ooo+hdhyyhhhdMMMMMMMMMMMMNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMNNMMMNNddddddhdNhso+/.`  .:/o+~~-:/oo/oyhNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMNhyyyhso/oo+o/-+o/.``       -`` ` `     ``/yddmmNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMNdsoooo+/.+oo+-..+:.                        .:.-:odNmNMNNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMmysoo+oo/`-:-/o+/.``:/                        `    `+ysyNNMNNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMmyoo++:.++` `  ```     `                              `:+oyMMhmNNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMyooooo//+`                                              `/oNNmNmNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MNMMhsoooooo:`    `                                           /shdmysdNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MNmdyoooooo+-                                                -+/oosooyNmhmNMNMNNNMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--Mmdsoooooooo/`                                               ```:/oosyoooshNdmddNNMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--Mmhssooooo+o+`                                                 -.`./oo:/oosdhhshMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MNdyoooooo+oo```                                                   -++:+osysoosmMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--mddsoooooooo++-` `                                                  `-+oshmyshmNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--mhhooooooo+/:-``                                                      +ossdmNNNmhhMMMNMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--Nhsoooooooooo-                                                        /+/:/::/+osmmhymmMMMMMMMMMMMMM-->
<!--hooooooooo++/.                                                         `      `-+ssohNMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--ysoooooooo/+-`                                                                   .:+ohdNMMMMMMMMMMMM-->
<!--soooooooo+.`                                                                       `/osyNMMMMMMMMMMM-->
<!--ooooooo+:~~                                                                        .oooosNMMMMMMMMMM-->
<!--ooooooo+`                                                                         .:+oooodMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooo:`.`                                                                       oooooosMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooo/-/.                                                                       -ooooooMMMMMMMMMM-->
<!--ooooo+ooo`.`                                                                     ``-oooooyMMMMMMMMMM-->
<!--ooooooooo+/.                                                                    .:++oooooyMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooo+-   ````:-/:~~`````                                                     `/oooooodMMMMMMMMMM-->
<!--ooooooo+- `.:/soshhhso+o+//:`.`                                                   :o+ooosMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooo+..:syssyosoo//o++++oso+/:~~.``                                             `.:ooohMMMMMMMMMMM-->
<!--ooooo++oyhsoo+/-..    `.-:/o+syhddso+/-`                                            `/oodMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooossoo+/:`            ````:osdmmNMNh+-.`                                        `+ooyMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooo/.`.`              ````.`.-+osyddmdyo+:                                      `.+oosNMMMMMMMMMM-->
<!--oooooo.   ``  .`..-::/o+++osoooosssoooooso+/-  -                         `..~~`-//++osdmhmMMMMMMMMMM-->
<!--oooooo+:./oo++ooossysdNNhyooyyoooossoooooo::-``.                    `.::/osydmdddddNNMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--ooooooooooooooohmMmo:/mMMMNMMN+yyooooooooooo+/.                 `:+ydNNMMMMNNNddddmNMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooooooooymms+`  hMMMNhMMN: `:+oooooooooo+                 -+hNNNNmmdmysooo++/+ssydMMMMMMMMMMMMM-->
<!--::+oooooooooooosso:` :NMMMMMNh`    `:+/:///oo+:              .+oydysssyddNyydmdhssooooohMMMMMMMMMMMM-->
<!--/  -ooooooooooooooo+-`.sddhs:`  ``.-::/    +o:.             -oo+::+mMMmNMMN. .+mMNdysoodMMMMMMMMMMMM-->
<!---  .oooooooooooooooooo+:/-` .`.:+:+/+/-.  `o/               -oo+/`.mmMmNMMM-  `ymMMMhohNMMMMMMMMMMMM-->
<!--  ``/:~~-:/oooooooooooooo///+/:/:/oo+-   ./+-               +oooo+-+dmMMMNo  .s+mMMmyyMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--`:`        `-/ooooooooooooo+/o//+/:.` ``~~.                 /oooo+:-://so-.-:+ydMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--             `-/.-`-.~~-:...-::.``.  ``-:``   `             -ooooooooooooooodmMMMMMMdymMMMMMMMMMMMMM-->
<!--               ...`       `````          /:                 :ooooooooooooooosymMNmmhooyMMMMMMMMMMMMM-->
<!--                                                            :ooooooooooooooooooysoysoosNMMMMMMMMMMMM-->
<!--                                                            :ooooooooooooooooooooooooosMMMMMMMMMMMMM-->
<!--                                                            -oooo+`:+ooooooooooooooooooNMMMMMMMMMMMM-->
<!--                                                            .ooooo- `:/ooooooooooooooosMMMMMMMMMMMMM-->
<!--                                                            .oooo+`    `-/++oooooooooooNMMMMMMMMMMMM-->
<!---                                                           `ooooo.       ```-/.`:oooosMMMMMMMMMMMMM-->
<!--o-`                                  .``:-/.                 +ooo:`            ..-:ooohMMMMMMMMMMMMM-->
<!--/-`                                `:+:-```                 :oooo.`              :ooooNMMMMMMMMMMMMM-->
<!--/+.`                      ``       /o/                      `-ooo+:              -oooyMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--o+/+/-.`                ``.`       :o-                       -oooo/.`            /ooyMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oo/+/o+` `           `++-          `+/`                      -oooo-+`          `:oosNMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oo+-.:~~             ```            `/+/.```````             :oooo.::-`      `:/oosNMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--ooo+~~``                              ..-:///:++::           /oooo/ooo+-.- `.+ooosmMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooo..                                  ``` `/so-        `:oyooooooooooo++oooodNMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooo/o-``       `           `         `    .    +os+:.```.:+oooooooooooooooooosmMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooo+:`      -+`       ` `                   -::~~/ooosoooooooooo++ooooooooymMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooo+.`  `-+:-````````                     :`     `.+:/+oooooooooooooooodMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooo~~``  .+/++o+:/+/:.``````  `           `        -::/ooooooooooo+ooodMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooo+:.`   /+oooo++oshhhysooo++++//+//:/:::-.```.~~-++-/ooooooooooo/oymMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--ooooooooo/:-`  :++oo/-`.+osshmmmmh-.~~~~:://++++o+/+oysssssysyoooooo+oooyNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--soooooooo+:.-``:o+-.    /ooooosyyhho:..      ```.-:/yhsssssysooooooooosmNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--dysosoooooo/o+:/o/``    /ooooooooosssoo/:...-...-+ooooooooooooooooooohNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--Nmyososoooooo+ooo+:``   `:ooooooo+/oooooooooooooooooooooooooooooooosdMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMNdyosooooooo+++o+:-     -oooooo/..-/+ooooo+:+ooo+oooooooooooooosyNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMNmhsyssoooooooooo/.   .` .ooooooo/-`.~~/oo:~~/+oooooooooooooossNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMmdddNhhsooooooo+/-`  `  /oooooooo+///+oo+o+oooooo+ooooooossmNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--NMMMMNNNMNhssoooooooo+/::- ``.:+ooooooooooooooooooooooooooooshmMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--sdMMMMMMMMMdhoooooooo+/:/-     `-/oooooooooooooo+/o/o+ooooosmMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--ooymMMMMMMMMmdhosooo+/:`:~~ .    .::/:::::/+++oo///:+ooooosdNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMNNNNNddy-->
<!--oooshNMMMMMMMMmysooo/-/..`` `               ``+oooo+oooosshMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMNNmNNmmmmNN-->
<!--oooooshNMMMMMMMNysoo++/:.`.````              `/+oooooooyssNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooymMMMMMMMNsso+++/~~:.~~                :/oooooosyyNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooooyNMMMNMMhy+++/-`.``-`` `             ..oooshhshmMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--oooooooo+osdNMMMMMdsooo/:-`:::-.   `       `-.-+oosmmMddMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--ooooooooooo+sdMMMMNdso++/-://o+/-..  . `:::/+:/oosydNMMNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--ooooooooooooooyNMMMMNysoo/++/+oooo/~~:-+ooooooosshmNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--y-+ooooooooooooohmMMMMmddsso+oo+o+oooooo+osooshhNNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--Mh:+ooooooooooooooydNMMMMNmhddhdhdhhhyshyhNdmNMMNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMs/ooo+/++/ooooooooyhmNNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMdo//` `-:/+ooooooooooosyhhddddmmmmmmmmNMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMNd:```~~~~o+/oooooooo+ooooooooo+oooymMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMs.`.-:-:/:/:++:./+o-:/++:://oosmMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMd/```../- .`  `-.  ..`    -hMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMhy-//+-          `     -mMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMh:/.`-`              +NMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMNs-`             oMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMN+           oMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
<!--MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM-->
  </head>
  <body>
    <div id="main_page_two">
      <div id="top_title">Visualize clusters of genes based on homology</div>
      <div id="output_title">HELP</div>
        <div id="helptext">
          Title Input:<br>One line of anything you want to call it. This will get displayed in html on the output page.  You need to keep track of this with your files or print your results.
          <br>E-value Input:<br>This will take the false positive cutoff rate that you will use to determine whether or not to use a BLAST search result.  A lower E-value will result in a more dispersed cluster.  Inputs can either be a decimal.  IE 0.00001, or a an exponential notation.  IE 1e-05 which is easier to use for very small numbers.
          <br>Fasta Input:<br>Copy and paste in a multi-gene fasta file.  Either DNA or protein, but not both.  Each Fasta header is opened with a unique identifier with no spaces, and then is optionally followed by a class label used for coloring (also with no spaces).  Example:
          <div id="examplefasta">
>olfactory1 human<br>
MGFVLLRLSAHPELEKTFFVLILLMYLVILLGNGVLILVTILDSRLHTPMYFFLGNLSFL<br>
DICFTTSSVPLVLDSFLTPQETISFSACAVQMALSFAMAGTECLLLSMMAFDRYVAICNP<br>
LRYSVIMSKAAYMPMAASSWAIGGAASVVHTSLAIQLPFCGDNVINHFTCEILAVLKLAC<br>
ADISINVISMEVTNVIFLGVPVLFISFSYVFIITTILRIPSAEGRKKVFSTCSAHLTVVI<br>
VFYGTLFFMYGKPKSKDSMGADKEDLSDKLIPLFYGVVTPMLNPIIYSLRNKDVKAAVRR<br>
LLRPKGFTQ<br>
>olfactory2 human<br>
MKSWNNTIILEFLLLGISEEPELQAFLFGLFLSMYLVTVLGNLLIILATISDSHLHTPMY<br>
FFLSNLSFVDICFVSTTVPKMLVNIQTHNKVITYAGCITQMCFFLLFVGLDNFLLTVMAY<br>
DRFVAICHPLHYMVIMNPQLCGLLVLASWIMSVLNSMLQSLMVLPLPFCTHMEIPHFFCE<br>
INQVVHLACSDTFLNDIVMYFAVALLGGGPLTGILYSYSKIVSSIRAISSAQGKYKAFST<br>
CASHLSVVSLFYGTCLGVYLSSAATHNSHTGAAASVMYTVVTPMLNPFIYSLRNKHIKGA<br>
MKTFFRGKQ<br>
>olfactory3 human<br>
MGQNQTSISDFLLLGLPIQPEQQNLCYALFLAMYLTTLLGNLLIIVLIRLDSHLHTPVYL<br>
FLSNLSFSDLCFSSVTMPKLLQNMQNQDPSIPYADCLTQMYFFLYFSDLESFLLVAMAYD<br>
RYVAICFPMHYTAIMSPMLCLSVVALSWVLTTFHAMLHTLLMARLCFCADNVIPHFFCDM<br>
SALLKLACSDTRVNEWVIFIMGGLILVIPFLLILGSYARIVSSILKVPSSKGICKAFSTC<br>
GSHLSVVSLFYGTVIGLYLCPSANSSTLKDTVMAMMYTVVTPMLTPFIYSLRNRDMKGAL<br>
>olfactory4 dolphin<br>
TMVDPSGNESSATYFILIGLPGLEEAQFWLAFPLCSLYFIAVLGNLTIIYIVWTEHSLHE<br>
PMYIFLCMLSGLDVLISTSSMPKMMAIFWFNSTTIQFDACLLQMFAIHSLSGMESTVLLA<br>
MAFDRYVAICHPLRHATVLTLPRVTKIGMAAVVRGVALMAPLPFFIKHLPFCRSNILSHS<br>
YCLHQDVMKLACADIRVNIIYGLIVIISAIGLDSLLISLSYLLILKTVLGLTHEAQAKAF<br>
GTCVSHVCAVFIFYVPFIGLSMVHRFDKRHDSLLPVIMANTYLLVPPVLNPIVYGVKTKE<br>
IRQRILRLLHVTTHTSDP<br>
>olfactory5 dolphin<br>
MDSQGHWNNTAMTGFILLGLTNDPILRVILFTIILCGNLSTVILIRISSQLHHPMYFFLS<br>
HLSFADIGYSSSVTPNMLANFLVERNTISYLGCAIQLGSVVFFGSTECFLLAAMAYDRFV<br>
AICSPLLYSTKMSTRVYVQLLTVAYVGGFLNACSFTICFYYLLFCGPNQVNHVFCDFAPL<br>
VELSCSDISIPAVVPSFTAGSIIVVTVIVIAISYIYILITILKMRSTEGHHKAFSTCTSH<br>
LTAVTLFYGTITFIDVMPKSSFSTDQNKVVCVFYTVVIPMLNPLIYSLRNSEINEALKRE<br>
LARKIFSLICNFFSISNDRP<br>
>olfactory6 dolphin<br>
LERQNQNTITESNIIGFSKLGHLQIFLFFIFLLGYLTILMANATIMTVIHLNWALHTSRY<br>
FFLFGLSCFEICYTFVIVKMLTKLSTSLTICFSGYVSQLYFSVGLATNCFLIAAMSYDCY<br>
VAICNPFNYTLIVSFCGFLISVVANVLVFSVPFSASNINHFFCDISPVIKLGCTDTNQKE<br>
MVIFFLNILVLLVPLVLIFISYVFIVSTILKISSVEGQHKVFATCVSHITVVIFHYDFAS<br>
FLYLRPTSLFSSYKDQLVAVTYTVITPLFNPLVCTLRNKEVTALRKVLSRYLFTK<br>
</div>
          Output Colors:<br>
          These are chosen at random.  If you do not like the color scheme, refresh your output page to run the sequences again and get another color scheme.
        </div>
     <div id="reference">Jason Weirather, Mary Wilson, John Donelson.  Manuscript in preparation 2010.</div>
     </div>
   </div>
  </body>
</html> 

